蛋白合成起始于N-端，蛋白質(zhì)N-端的序列組成對(duì)于蛋白質(zhì)整體的生物學(xué)功能有著影響力。例如N-端序列影響蛋白質(zhì)的半衰期，同時(shí)關(guān)聯(lián)著蛋白亞細(xì)胞器定位等，這些與蛋白的功能和穩(wěn)定性息息相關(guān)。對(duì)蛋白進(jìn)行N-端測(cè)序分析，有利于幫助分析蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)，了解蛋白質(zhì)的生物學(xué)功能。

C端序列是蛋白質(zhì)和多肽的重要結(jié)構(gòu)與功能部位，對(duì)蛋白質(zhì)的生物功能起作用。此外，由于蛋白翻譯后在細(xì)胞內(nèi)需要進(jìn)一步剪切和修飾，通常不能簡(jiǎn)單的使用基因序列對(duì)C-端或N端做簡(jiǎn)單的預(yù)測(cè)，對(duì)于蛋白生物制品來(lái)說(shuō)，使用C-端測(cè)序是可行的，隨著蛋白質(zhì)組學(xué)研究的不斷深入，蛋白質(zhì)C端測(cè)序?qū)ζ涔δ苎芯繉l(fā)揮作用。一些新的蛋白質(zhì)C端測(cè)序方法已建立，提高了靈敏度和重復(fù)性，能夠在蛋白質(zhì)組水平應(yīng)用。

技術(shù)原理

蛋白質(zhì)和多肽N-端測(cè)序技術(shù)是以Edman化學(xué)降解法為基礎(chǔ)的，Edman化學(xué)降解，其基本原理是包括通過(guò)異硫氰酸苯脂與蛋白質(zhì)和多肽的N-端殘基的偶聯(lián)，苯氨基硫甲酰酞（PTC-肽）環(huán)化裂解，和噻唑呤酮苯氨（ATZ）轉(zhuǎn)化為苯異硫尿氨基酸（PTH-氨基酸）三個(gè)主要的化學(xué)步驟，每個(gè)循環(huán)從蛋白質(zhì)與多肽裂解一個(gè)氨基酸殘基，同時(shí)暴露出新的游離的氨基酸進(jìn)行下一個(gè)Edman降解，然后通過(guò)轉(zhuǎn)移的PTH-氨基酸鑒定實(shí)現(xiàn)蛋白質(zhì)序列的測(cè)定。

盡管Edman法技術(shù)已應(yīng)用較多，但仍有不盡人意之處，例如Edman降解法不能解決N端封閉的測(cè)序問(wèn)題（環(huán)化、封閉）、被修飾的蛋白不能給出確切的信號(hào)，要求蛋白或多肽的純度在95%以上，靈敏度較低。質(zhì)譜法不受N末端封閉的限制，能對(duì)側(cè)鏈基團(tuán)翻譯后加工或化學(xué)修飾進(jìn)行定位，靈敏度有提高，因而具有其優(yōu)點(diǎn)，與傳統(tǒng)的Edman降解法相互補(bǔ)。

蛋白質(zhì)的C末端分析，并不能采取類似N端氨基酸序列分析的化學(xué)分析，現(xiàn)階段是采取質(zhì)譜法對(duì)蛋白質(zhì)樣品的C末端序列分析。其原理為利用蛋白質(zhì)在質(zhì)譜中會(huì)有規(guī)律的破碎，獲得蛋白質(zhì)肽段的碎片，分析圖譜得到蛋白質(zhì)的C-端序列。

樣品要求：

• 蛋白質(zhì)樣品可以是干粉、溶液或固定在PVDF膜上(轉(zhuǎn)膜的蛋白質(zhì)分子量不超過(guò)20KD，用麗春紅染色);

• 樣品濃度及純度:濃度>50pmo l，純度>90% (建議提供的樣品量為所需量的5倍以上);

• 含鹽量:不揮發(fā)無(wú)機(jī)鹽<5mM ，揮發(fā)性無(wú)機(jī)鹽<20mM ，不能使用Tris 緩沖體系

http://www.abace-biology.com/Protein-N-end-C-end-sequencing.htm