1.毛細(xì)管色譜柱內(nèi)徑的選擇

理論上，柱效率與半徑平方成反比，半徑越小分離效果越好，可是半徑越小，色譜柱的使用困難越多，如要求儀器的靈敏度高、時間常數(shù)小、死體積小以及柱前壓大等。而柱內(nèi)徑大則處理量大，但柱內(nèi)徑過大，將導(dǎo)致柱內(nèi)徑不能均勻的分布在色譜柱中。通常使用的毛細(xì)管柱內(nèi)徑可分為：0.53 mm、0.32mm、0.25mm和0.20mm

0.53mm ：具有近似填充柱的負(fù)荷量，總柱效則遠(yuǎn)遠(yuǎn)超過填充柱。當(dāng)達(dá)到同樣的分離度時，0.53mm大口徑柱的分析時間快于填充柱，可方便的采用柱上進(jìn)樣或直接進(jìn)樣技術(shù)，適合于分析不太復(fù)雜的樣品，是填充柱的替代柱。

0.32mm： 柱效稍低于0.25mm常規(guī)柱，負(fù)荷量大于常規(guī)柱的60%，用特制注射針可做柱上進(jìn)樣。

0.25mm ：常用的內(nèi)徑規(guī)格。有較高的柱效，負(fù)荷量較低，必須分流進(jìn)樣或無分流進(jìn)樣。用于復(fù)雜多組份樣品分析。

0.20mm 柱效高,負(fù)荷量低，流失較小，適合與質(zhì)譜等靈敏檢測器聯(lián)用。

2.毛細(xì)管色譜柱長度的選擇

理論上，柱長越長，總柱效越高，可改善分離能力，短則組分餾出的快些。只有當(dāng)分析樣品復(fù)雜時，才需要選擇長柱，柱越長，分析時間也越長，一般分離度增加一倍，柱長必須增長4倍。

5—12m 短柱：分離少于10個組份（不包含難分離物質(zhì)對）的簡單樣品。

25—30m 中長柱：分離10—50個組份的樣品。

50m 長柱：分離大于50個組份或包含有難分離物質(zhì)對的復(fù)雜樣品。

3.液膜厚度的選擇

選擇適當(dāng)?shù)囊耗ず穸染拖襁x擇適當(dāng)長度一樣重要，恰當(dāng)?shù)哪ず窨梢允菇M分得到更好的分離。

0. 1—0. 2μm 薄液膜

低負(fù)荷量，高溫下流失較小，適合于高沸點化合物的分析，適于配高靈敏檢測器。

0.25—0.33μm 標(biāo)準(zhǔn)液厚   

一般商品柱的標(biāo)準(zhǔn)液膜。

0.5—5.0μm 厚液膜

較高的樣品負(fù)荷量，在高溫下流失較大，適于分析低沸點樣品。